使用済み核燃料の受け入れを提案したロシア外交文書の隠蔽問題で、原子力委員会の事務局を務める内閣府と外務省の担当者が２００３年９月、極秘で対応を協議していたことが関係者の証言で明らかになった。 ロシア側には当時回答しなかったといい、意図的に提案を放置していた疑いが強い。 この段階では、まだ経済産業省資源エネルギー庁側に文書が渡っておらず、内閣府と外務省が秘匿を主導していたことが判明したことになる。 文書は使用済み核燃料をロシアに搬入して貯蔵、再処理することを提案する内容。０２年９月の会談で、ロシアのルミャンツェフ原子力相（当時）と尾身幸次・科学技術政策担当相（同）の双方が原子力分野での協力体制構築に前向きだったため翌月２５日付で作成された。 関係者によると、内閣府と外務省の協議は、０３年７月にロシア側が海外から使用済み核燃料を受け入れる態勢を整えたことを受け、対応を検討するために開かれた。原子力政策の実務を担うエネ庁は協議に参加しておらず、在ロシア日本大使館からエネ庁側に外交文書のファクスが届いたり「既に（内閣府との）協議は終わっている」と伝わったのは０４年２月ごろだった。エネ庁側は「文書は現職大臣同士の会談を受けて出された正式な提案だが、ロシアにはまだ回答していない」との説明を受けたという。 エネ庁側が参加しなかった点について、関係者は「前向きに検討するならエネ庁にも参加を呼びかけるが、まともに取り上げる気がなかったため声をかけなかった」と説明した。
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