武田薬品工業（大阪市）が２００６年、法人所得の海外流出を防ぐ移転価格税制の適用を受け、地方税を含む５７１億円を追徴課税（更正処分）された問題で、大阪国税局が６日、同社の異議申し立てをほぼ認め、申告漏れとされた所得約１２２３億円のうち９７７億円を取り消し、還付加算金を加え、追徴課税相当分を還付することを決めたことが明らかになった。 同国税局は２００６年６月、同社が、米国の医薬品会社との合弁会社と行った２０００年３月期〜２００５年３月期の取引について、移転価格税制を適用し、同社の申告漏れを指摘して、追徴課税した。 移転価格税制は、国内企業が海外の関連会社に商品を輸出する際、その価格が関連のない企業との取引価格に比べ、不当に安いと国税当局が判断した場合に適用されるもので、通常の取引と同じ価格で計算し直して課税される。 同社は全額納付したうえで、「取引価格は米国の医薬品会社の合意なしには決められず、移転価格税制が適用されるべきではない」として、２００６年８月に異議を申し立てていた。
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